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纳粽媸橇钊四咽堋闪男〖一铩！本顺な逼诘恼勰ィ材萑战ニト跸氯ァ�1851年春天，她终于也离开了人世。安妮的去世是达尔文“痛苦而残忍的损失”。由于极度悲痛，达尔文又病倒了。安妮去世几周后，达尔文写道：“唉！她如果知道，我们怀着多么深切的柔情永远爱她，永远爱她那可爱快乐的小脸蛋，该有多好！”
虽然重病缠身，家庭的不幸，以及对那些“可爱的藤壶动物”的研究，分散了他的精力，达尔文依然没有终止整理进化论材料的工作，继续搜集事实证据，对其进行归类。对藤壶动物的研究刚刚结束，朋友赖尔和胡克就催促达尔文发表关于物种进化的著作，他自己也认为时机已经成熟。1856年，面前摊放着1844年的草稿，身边堆满了一撂撂笔记，达尔文着手写作关于物种通过自然选择“有改进地遗传”的理论著作。他知道这将是自己对科学最重要的贡献，希望多用几年时间写好这本专著。
在此之前，达尔文的同事们已经知道他在研究物种及其变异的课题，但是关于学说的具体内容只有几个人知道：胡克、赖尔、达尔文的哥哥拉斯，另外还有美国植物学家阿萨·格雷。然而即使在那时，有关这方面的研究也并不是完全空白。《造物遗痕》一书已激起了公众对进化观点的激烈争论，同时正在吸引着越来越多的支持者。1852年，英国的哲学家赫伯特·斯宾塞（HerbertSpencer，1820－1903）在某杂志发表文章，认为物种是由进化而来，但他没有试图具体描述它们究竟是怎样进化的。
阿尔弗雷德·罗素·华莱士是达尔文博物学领域的一名同事。正当达尔文准备发表自己的思想时，华莱士独立提出了自然选择理论，使达尔文陷入了事业上的进退两难之中。
与此同时，在地球的另一端，还有一位博物学家也正在进行对物种形成的研究。他就是阿尔弗雷德·罗素·华莱士（A．R．Wallace，1823－1913）。《造物遗痕》一书激起了他对物种进化的兴趣。在亚马逊热带雨林的探险中（1848－1852），他开始搜寻、检验新物种进化的证据。1854年，华莱士开始对印度尼西亚和马来西亚的探险，时间长达八年。在那儿，他继续思考物种进化的问题。第二年，华莱士发表了题为《论限制新物种形成的法则》的文章。在这篇文章里，他论证说每一个新物种都是在一个“事先存在的，相互间联系紧密的”另一物种的前提下形成的。虽然他的文章里没有任何进化以什么方法发生的暗示，但是显而易见，华莱士已经研究物种进化问题。正是这篇文章的出现，促使达尔文最终决定开始写作关于物种进化的著作。他给华莱士写信，为他发表的这篇文章表示祝贺，并补充说他研究这个问题已有多年，正在就这个问题写一本书。
1858年6月之前，达尔文的这部书已经完成了几百页，计划书名为《自然选择》。正如他对赖尔所言，这本“关于物种写不完的书”，依然有大量的内容等待达尔文去完成。但就在这个月，华莱士从德那第岛（现在称做印度尼西亚的摩鹿加群岛的一个岛屿）寄来一个包裹，里面是一篇文章的草稿。之所以将这篇文章寄给达尔文，是因为华莱士敬重达尔文，希望得到他对自己新论点的评价。他还请求达尔文将文章转交给赖尔。达尔文收到包裹，读完文章，立即呆住了，华莱士的文章简要概括了达尔文艰辛研究近20年的大部分自然选择理论。
达尔文发现自己处于可怕的进退两难的境地。公正是达尔文的人生准则，华莱士信任自己，他不想剥夺其创立自然选择学说的荣誉。但是同时，正如一些朋友们所了解的那样，早在几年以前，他的自然选择学说就已经形成了。达尔文渴望自己的工作获得应有的荣誉，这也是可以理解的。达尔文不禁谴责自己拖延时间太久，没有早早将自己的学说公之于众；也许现在他这么多年的努力都将白费了。
赖尔不仅熟知达尔文的研究，而且还是当时最受尊敬的科学家之一，所以达尔文向他询问自己应该怎么办。更重要的是，达尔文不想让华莱士认为自己心胸狭窄，贪婪名誉。“我宁愿把整本书都烧掉，也不愿让他或任何人认为我做事委琐卑劣。”赖尔和胡克想出了一个办法，征得达尔文同意后，决定在林奈学会（伦敦博物学协会）七月份举行的会议上，公布达尔文——华莱士学说。这个学说由学会秘书宣读，包括达尔文1844年手稿关于自然选择的部分，1857年他写给阿萨·格雷的信探讨这个问题的部分，以及华莱士寄自德那第岛的论文。自然选择学说终于昭之于世。达尔文与华莱士被正式确认为这个学说的共同创始人，虽然时间的进程清楚地表明是达尔文最先发现了这一学说。
达尔文与华莱士共同分享发现自然选择学说这一荣誉的事实，经常被人们誉为科学家之间无私合作与美好愿望的崇高典范。实际上，华莱士根本没有机会来决定是否同意这样的安排。甚至也没有人询问过他的意见，因为信件到达德那第岛与回信答复总共需要好几个月的时间。会议结束三周以后，华莱士本人才知道他们的学说在林亲学会上一起宣读的消息。华莱士表示，他对事情如此处理感到非常满意，这使达尔文感到莫大的欣慰。直到达尔文生命的最后一刻，两人都保持了良好的朋友和同事关系，尽管在某些重要科学问题上并不总是意见一致。华莱士通过观察大自然成千上万与各自生物龛完全吻合的物种，认识到存在是为了生存而斗争的结果（达尔文的这种认识是吸收了马尔萨斯《人口论》的观点），从而归纳出自然选择的结论。华莱士确信，他和达尔文都是独立得出自然选择的论点——达尔文根本不可能抄袭华莱士的观点——并且欣然接受达尔文最先发现了自然选择学说这个事实。在两人的私人信件和发表的著作中，各自表达了自己对对方的喜爱与尊敬。华莱士一点也不介意是达尔文的名字，而不是他的名字，与他们共同的革命的见解紧密联系在一起。
祸事接连不断，加上难以抚平的忧伤，达尔文没有出席宣读学说的林奈学会会议。最小的孩子查尔斯刚刚死于猩红热，女儿埃塔也病倒了。尽管如此，他意识到现在应当发表一些关于自然选择的论述。达尔文放弃了一直在埋头写作的大部头作品，匆忙准备更加简洁的文本。1859年11月，《论物种起源：通过自然选择的方式》一书终于出版，引起了人们对这一课题极大的兴趣。出版当天，第一版1250册被书商们抢购一空。
1839年，通过自然选择的进化论历经二十年的深思熟虑之后，达尔文发表了关于这一课题的首部著作。果不出其所料，《物种起源》迅速引起激烈的争议。
四百多页的《物种起源》比达尔文计划要写的篇幅短得多，但仍然不失为一本内容充实的巨著。在这本书中，达尔文探讨了丰富多彩、多种多样的课题，例如：冰山、鱼化石、鸽子驯养、俄罗斯蟑螂、以及将猫、鼠、蜜蜂和红花草联系起来的微妙生物链。经过二十年在地质学、解剖学、植物学和动物学领域的阅读、观察，资料收集以及实验，达尔文从中得出了两个主要观点。其一是物种不断进化、不断改进以适应周围的环境（达尔文仍然使用“有改进地遗传”这术语。直到1872年《物种起源》第六版才使用“进化”这个词）。其二是自然选择宠幸那些具有生存和再生能力的生物体，是新物种缓慢形成的首要机制：
或许我们可以这样说，自然选择时时刻刻都在检验着地球上的每一个物种，不放过任何一个最微小的变异；摈弃弱点，保留、添加所有的优点；它无声无息，悄悄地发挥着作用，不管何时何地，只要时机适合，就会提升每一个生命体与其生活环境的关系。通常我们看不到这些缓慢变化的进程，直到时间之手记录下世纪长河缓缓的流逝；我们并不完美的目光穿过这久已逝去的漫长地质年代，只会看到现在生命的形式与它们以前的形式通然不同。
达尔文很贴切地把《物种起源》称做反对神创世奇迹的“一个长长的辩论”。在最后一章，以揭示自然及其法则带给他的奇妙感作为结尾，达尔文总结了这个观点。他并不需要幻想超自然的神秘，展现在眼前的尘世已足够激起他的敬畏：
观察一下藤蔓缠绕的河岸，爬满了形态各异的植物，鸟儿在灌木丛中歌唱，各种各样的飞虫轻快地掠过，蚯蚓在湿润的土壤中蠕动爬行，想一想这么多结构精巧的生命，都产生于在我们身边发挥作用的自然法则，各个不同却又以复杂的方式相互依赖，真是一件妙趣纷呈的事情！——这是一种壮丽辉煌的生命现。从起源来讲，它的几种力量被一种或少数几种生命形式吸取；当地球按照一成不变的重力法则循环往复时，从这么简单的起源开始，无限壮美、奇妙的生命形式进化出来，而且仍然处于不断的进化中。
正如达尔文预料的那样，《物种起源》一书在科学家和广大公众之间都引起了激烈的争论。同事们的反应大大鼓舞了达尔文。早期的支持者有胡克和阿萨·格雷。托马斯·赫胥黎为达尔文优雅简洁的理论深深折服。读完达尔文的书，他感叹道：“我居然没有想到这些，简直大笨了。”虽然在许多重要观点上，赫胥黎与达尔文意见相左，但他立即相信了达尔文的理论。当得知他以前的导师，亚当·塞治威克和约翰·亨斯洛反对自然选择学说时，达尔文感到非常伤心。因为作为牧师，两人都无法从容面对生命可以脱离创造者之手的指引而进化的观点。
然而，最让人失望的是查尔斯·赖尔的反应。这位卓越的地质学家对达尔文曾经有着极为重要的影响。后来，也正是他鼓励达尔文追求、发表自己的学说。无论在社会、政界还是科学领域，赖尔都享有极高的声望。达尔文深知，如果自己的学说能够得到他的赞同，那么《物种起源》就会赢得广泛的接受，然而赖尔克制自己对此事的热心。赖尔是一个谨小慎微的人，非常珍视自己的社会地位及其与皇室的友谊，总是善于运用小心翼翼、不会触犯保守读者的语言来掩藏自己先进的思想。虽然他私下里赞同达尔文的进化论和自然选择学说，却从来没有公开表达过对达尔文理论全力的支持，而这正是达尔文所一直期待的。
在与公众的关系上，达尔文后来也采用了赖尔的策略，用精心设计的语言来打消易于冲动的读者的疑虑。《物种起源》第二版有一个富有意义的例子，达尔文将最后一句话改为生命“从本源上讲，是由于造物主赐予呼吸而具有某些存在形式，或者成为一个个体”。通过添加“造物主”这个词，达尔文提醒读者，自然选择并没有必要将上帝从宇宙中驱逐出去。
但是，在“生存的斗争”这一章，达尔文勾勒了马尔萨斯的学说（自然界繁殖的生命体总是比可能存活的要多），以此为论据证明大自然常常是非常残忍的。举例如下：从不发芽的种子；刚刚从卵中孵化出来就已夭折的鸣禽雏鸟。达尔文还在别处引用博物学的例子来说明，对于仁慈的上帝来说，他的创造似乎过于残忍。例如，黄蜂在活着的飞蛾幼虫体内产卵，孵化的小黄蜂吞吃飞蛾幼虫为食。有一次，达尔文在给胡克的信中愤怒控诉：“对于大自然笨拙浪费、愚蠢拖沓。恐怖残忍的‘杰作’，一个魔鬼牧师的作品还能写些什么呢？！”
“魔鬼牧师”——为魔鬼布道反对上帝的人——在达尔文的记忆中，这个词组来自他在剑桥的岁月，是基督教叛教者、牧师罗伯特·泰勒（RobertTaylor）的雅号。由于泰勒猛烈抨击组织严密的教会，被以危害社会罪拘捕入狱。
尽管达尔文个人的不可知论从未与教会为敌，但是《物种起源》发表以后，他也被认为是一个“魔鬼牧师”。
达尔文的支持者中，虔诚的基督徒数量很多，有些甚至是牧师。著名牧师、作家查尔斯·金斯利（CharlesKingsley）认为，进化论与上帝并不冲突。在给达尔文的信中，他赞同上帝创造了“能够自我发展的原始生命形式”的观点，和上帝独自创造了世间万物的观点一样神圣崇高。美国杰出的传教士亨利·沃德·比彻（HenryWardBeecher）也持同一观点，他说：“我觉得进化论不过是发现了神圣的创世方法。”然而，《物种起源》激怒了大部分牧师，他们认为进化论否定《圣经》中上帝创造世界的描述。一旦人们开始怀疑《圣经》，