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杰佛逊认为，人类的尊严来自于思想的自由。正是出于这样的原则，杰佛逊在立国先贤中是最明确地反对宗教极端主义的，因为任何宗教一走极端，必然规范信徒的思想，妨碍探索和思想的自由。杰佛逊和富兰克林、华盛顿等开明思想家一样，他们都生活在普遍信奉基督教的社会，从小接受了基督教信仰，但是在宗教信仰上不偏执、不狭窄。他们相信人有怀疑、探索的权利，宗教不应该妨碍这种权利。他们相信神的存在，但是不拘泥于《圣经》的教义。在宗教上，他们更接近自然神论。这种宗教观使得他们同时能够吸收启蒙时代的知识和思想，使自己的宗教观和探索自然、独立思想的原则相统一。在这方面，杰佛逊是一个十分突出的人。他曾经想对《圣经》做一番辨伪存真的工作：用剪刀加浆糊，把一整本《圣经》拆开，剪去他认为经不起推敲的以讹传讹的东西，留下他认为可信的东西。这样一番修剪，《圣经》只剩下了1/10的篇幅。这就是后来所说的“杰佛逊版圣经”。在那个年代，能够对《圣经》动剪子，这本身是非常特别的，没有很强的对理性的信念，根本就不敢那样做。这同样也说明，杰佛逊不是所谓无神论者，而恰恰相反，他是有宗教信仰的。他对原则之正当性的信心，不是来自无神论式的纯理性推论，而是来自信仰。在他脑子里，信仰和思想是一致的。
1789年费城制宪会议一结束，这个会议上三位最重要的人物立即分别把美国宪法的拷贝送达巴黎的杰佛逊。华盛顿将军送去一份，“宪法之父”詹姆斯·麦迪逊送去一份，本杰明·富兰克林送去一份。可见杰佛逊在当时政治家心目中的地位有多重，可见大家都想知道杰佛逊是什么看法。
杰佛逊对宪法有两点不满。
第一点是，宪法缺少一份权利法案，即有关个人基本权利的保障。在他参与制定的弗吉尼亚宪法、其他各州的宪法，都有类似的法案。杰佛逊认为，一份宪法固然是关于政府的组织功能，是人民把权力转让给政府的授权书，但是，它应该包括限权的条款，明确指出什么权利是人民的，不能转变为政府的权力。这些权利就是个人的自然权利，包括宗教信仰的自由、新闻自由、人身保护令状、由陪审团审判的权利等等。他说，权利法案就是人民有权和地球上一切政府相抗衡，这种权利是任何政府都不能侵犯的。
第二点是，宪法没有设计出政府官员轮换的规定。他认为宪法规定的立法和行政官员的任期太长，应该限制连任的任期。这是为了防止官员在权力位子上待长了，想方设法霸住权力不放。杰佛逊认为，应该一开始就预防这种情况。政府应该是铁打的营盘流水的兵，官员要不断变动轮流，这是防止腐败的重要措施。
法国大革命开始之后，作为美国政府派往法国的外交使节，杰佛逊按照惯例不能涉入法国的内部变故，但是在思想上他却不可能置身于外。他和以拉法耶特为首的改革派来往密切。而从美国独立战争返回法国的拉法耶特，也理所当然地把杰佛逊看做是最可信赖的参谋。面对当时法国动荡的局势，杰佛逊以他对自由政府的信念，认为法国应该改革，应该建立宪政自由的政府。
另一方面，杰佛逊毕竟是美国人，相比大革命时期冲动而愤怒的法国人，他是更务实更冷静的。他认为，法国的改革是有限度的。他为拉法耶特筹划的改革计划，是保留国王的宪政制度。他认为，由于法国没有美国那样广袤而尚待开发的土地，法国没法像美国一样，为每一个人都创造在自己土地上创业的机会，不可能像当时的美国那样有较好的消弭贫富差异的土地条件，能实现机会平等，所以，法国的前景不如美国。可是，正在发动起来的法国大革命中的人们，与杰佛逊的想法恰恰相反。
在1789年，杰佛逊帮助拉法耶特起草了法国《权利宣言》的一个文本，其中几乎是全盘写进了杰佛逊关于个人基本权利的原则。在1789年夏天，法国通过《权利宣言》以前，拉法耶特还把宣言文本送给杰佛逊，请他再提供修改意见。这份用铅笔修改过的法国《权利宣言》，和杰佛逊抄录的最后通过的宣言，后来都带回了美国。杰佛逊把它们交给主持美国众议院的麦迪逊，建议美国尽快通过一份权利法案，在制定时可以参考法国的《权利宣言》。
在杰佛逊用铅笔修改过的文本上，有些词用铅笔画了括号。这些词是杰佛逊认为应该斟酌修改的。其中，在公民基本权利中，“财产权”就给括号括了起来。后来的研究者认为，这是杰佛逊思想中，用“追求幸福的权利”来代替“财产权”的又一个证据。
事实上，杰佛逊在《独立宣言》中的“生命，自由和追求幸福的权利”的说法，和约翰·洛克生命权、自由权和财产权的说法十分接近。在洛克的概念里，这三种权利就是欧洲自由市民的权利，它们浑然一体，不可分割。财产权也包括自由地运用自己的身体和能力，自由地工作，自由地享受工作的成果：挣得财富，享受财富。应该说，在洛克的财产权里，含有工作权的意思，也就已经接近了“追求幸福的权利”。但是，托马斯·杰佛逊更倾向于用后者，认为“财产权”这个词本身，是民事契约中用到的词，也就是说，可以看做一种民事权利。而正如托马斯·潘恩在巴黎的杰佛逊住处与他通宵讨论自然权利问题以后，写下的四页备忘录中说的，自然权利和民事权利有明确分野。杰佛逊显然也同意这种看法。
华盛顿总统内阁里，主要的不和，发生在国务卿杰佛逊和财政部长汉密尔顿之间。汉密尔顿是所有人中最主张集中政府权力的人，他不信任普通民众，不相信民主能搞好。他希望有一个行政主导的政府，政府就是统治者，政府的功能就是统治。政府和民众的关系就是统治者和被统治者的关系，理想的目标是建立较为和谐的统治和被统治的关系，而不是削弱或模糊这种关系。所以，汉密尔顿在致力于国家财政和经济制度建设的同时，写文章表达他的主张，一再使用的就是“政府”这个词。
杰佛逊却认为，理想的状态是宪法所设计的分权制衡的政府，是用权力制约权力，避免权力膨胀独大以后侵犯民众。所以他看到口口声声“政府”如何如何就很不满意。在他的影响下，在众议院里，詹姆斯·麦迪逊也取杰佛逊的态度。宪法通过以前，麦迪逊曾经和汉密尔顿合作发表《联邦党人文献》，切磋和宣扬共和主义的政治观。现在，麦迪逊和杰佛逊一起，针对汉密尔顿的观点，提出反对。麦迪逊曾发表文章，批评在讨论国家大事时滥用“政府”这个词。他写道：在一个共和政府里，把行政长官称之为政府，是不是合适？显然是不合适的。他说，这是外国政府，比如英国君主政府的说法。在美国这样的共和国里，行政分支不等于政府，行政分支只是政府三权分立中的一支。
杰佛逊相信，共和政府应该体现多数的统治。在内阁任职期间，他经常反对汉密尔顿的主张，反对政府采取和民众对立的立场，甚至反对政府对底层民众暴动的态度。1794年，当宾夕法尼亚发生“威士忌叛乱”的时候，汉密尔顿认为这种叛乱是美国的“雅各宾俱乐部”式的政治暴动，是有政治目的的团体发动的，是为了推翻政府；他说服华盛顿总统，命令逮捕了一些参与叛乱者。虽然，这些人很快被释放，杰佛逊仍然对此非常愤怒。他认为，这种叛乱是底层民众遭受不公待遇时，没有别的出路而被迫铤而走险。而民间团体讨论、发表和集会表达政治观点，是公民的权利。他和麦迪逊大声疾呼，为民间言论自由和出版自由辩护。杰佛逊认为，华盛顿总统听信汉密尔顿而抨击民间团体，是最大的政治错误。他对总统说，美利坚合众国的总统应该允许别人把他当做行使讨论自由、写作自由、新闻自由、出版自由时的抨击对象。
另一方面，杰佛逊对上层精英的小圈子组织却大不以为然，特别反对独立战争的功臣们结社。当独立战争后的退伍军人组成辛辛那提俱乐部的时候，他从一开始就认为，这是一种仿照军事贵族组织的团体，在一个由全体自由人组成的共和国里是不合适的。他在巴黎的时候，华盛顿将军写信给他，征求他对辛辛那提俱乐部以及自己被推举为名誉主席一事的看法，他马上回信表示反对。
在华盛顿总统的内阁里，杰佛逊和汉密尔顿的矛盾越来越公开，越来越激烈，华盛顿总统不得不出来干预，对双方都加以批评训斥。华盛顿在思想和理论方面，比较重视杰佛逊的意见，而在财政和制度建设的要务方面，更倾向于联邦主义者的观点，更重视汉密尔顿。杰佛逊和华盛顿总统都是弗吉尼亚人，他们都认同弗吉尼亚上层精英的价值观和处世方针，但是杰佛逊是一个读书多、重理论、理想主义、性格浪漫的人；而华盛顿是一个踏实的现实主义者。从务实来说，华盛顿总统更接近汉密尔顿。
我们还是回到1800年的大选结果。1801年，杰佛逊总统上台，他自己说过，那是一场“第二次革命”。今天有不少历史学家延用和赞同了这样的说法。
其实，1800年的第一次政党轮换，在美国就出乎了一些人的意外。两党表现得如此对立，经历如此激烈的竞争，共和党才赢得总统选举。可是，杰佛逊总统上台后，并没有进行非常激进的大改革。尤其是汉密尔顿制定的财政改革，虽然杰佛逊曾经激烈反对，可是在他上任之后，财政改革的效果已经很明显，杰佛逊并没有在经济上逆转前任的政策。
那么，“第二次革命”指的是什么呢？一方面，当时的共和党报纸针对1800年亚当斯下台而提出，从1776年开始的美国“第一次革命”结束了。他们指的是，联邦党人强调政府的强大和稳定、强调法律和秩序，对美国民主向深度和广度发展持谨慎的限制，是一种保守的倾向。而现在，以华盛顿和亚当斯为代表的这样一个时代结束了。
另一方面，“第二次革命”在另外一些人那里，是指这次非同以往的执政轮换本身。在美国联邦政府成立之后，这是第一次由一个明确的反对党派通过竞选，从连续执政12年的对立党派手中，赢得政权，并且完成和平交接，从此开始推行某些完全不同于前任政府的政策。
杰佛逊总统一上台，《惩治叛乱法》已经到期，当然就没有再续，等于是废除了这个法律。杰佛逊还利用宪法赋予总统的赦免权，赦免了所有因《惩治叛乱法》坐了牢的人。共和党领先的国会也做出决议，由国会归还了所有因触犯该法而缴纳的罚款，并且由国会支付了利息。杰佛逊还废除了华盛顿总统时代造成农夫暴动的威士忌税。民众看到了在联邦政府的层面，由于执政党派的轮换，做到了政策上的平衡和纠偏。但也有一些政策的改变，是引发很大争议的，例如，杰佛逊大大削弱了由前任亚当斯总统兴建的海军。亚当斯认为，鉴于12年来不断的战争威胁，美国必须开始建设常备军，而杰佛逊认为，这完全是浪费公款。
杰佛逊最大的政绩，是在拿破仑打算廉价出售法属北美洲殖民地的时候，非常及时、坚决地购置了这片土地。这就是著名的“路易斯安纳土地购置案”，使得美国的土地在他的手里扩大了一倍。虽然当时遭到许多人的反对，可是，杰佛逊的这个决定得到了他的前任、已经退休的亚当斯总统的支持。事实上，亚当斯任上参与的对英和谈，签下的条约也曾经使得美国的土地比独立战争之前翻了两番。在这一点上，他们是一致的。而亚当斯总统的儿子、后来的总统约翰·昆西·亚当斯，当时是国会的参议员，在国会以自己的赞成票给了杰佛逊实际的有力支持。
杰佛逊理想中的幸福生活，还是田园牧歌式的农庄生活。面对移民潮，他非常关心美国是否始终有足够的土地，来提供给民众一个“幸福生活”。因此，在差不多整两百年前的1804年，杰佛逊派出了他的私人秘书路易斯（Meriwether Lewis），以及克拉克上校（William Clark），带领了31名探险队员，对刚刚购置的土地进行勘查；希望能探测密苏里河上游，寻找一条经由哥伦比亚河到太平洋的陆上通道。他们在1804年5月14日出发，翻过洛基山脉，直抵太平洋。1806年9月23日，全队33人全部