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从《摄论》持种证的阵容来看，明显比《瑜伽师地论》的种子证要丰厚很多。《瑜伽师地论》的种子证仅仅说明应该有一个识，具有摄持种子的功能性。在《摄大乘论》中，不只说明有一个摄持种子之识，还具体说明了作为摄持种子的识应有无间断、无转易的特性，六转识很显然不具备这些特性，而阿赖耶识却具有这些特点，故可作摄持种子之识。
同时阿赖耶识还有一个非常重要的功能，即作为有情生死轮回的主体。我们知道，阿赖耶识其中一个很重要的功能就是要为生死轮回作枢纽。依照唯识学的说法，如果没有阿赖耶识的话，有情的生死轮回便无法建立。生死轮回需要有一个轮回主体的存在，这是阿赖耶识应该存在的一个很重要的证明，但是在《瑜伽师地论》的八相论证中，我们找不到有关这方面的证明。如果说初起证从名字上来看，倒是有几分相似处，能勉强算是的话，则也实在是太模糊、太简单。
《摄大乘论》在这个方面却有很详细的证明，它主要从结生相续证来说明有情轮回主体存在的必要性，不论是从欲界到欲界（即非等引地的结生相续不成），还是欲界到上界还是从上二界堕于欲界，都需要一个相续不断的主体，在死有与生有之间过渡，来往于三界、五趣、四生之间。这个主体只能是阿赖耶识，而决不是前六转识，因为前六识是有间断、有转变的，这种不稳定性决定了它不能作为生命轮回的主体。而阿赖耶识不同，它不只在有情的一期生命中没有间断性，在有情生生世世的轮回中它都没有间断，但是它也不是恒常的，就像流水，前水不是后水，后水也不是前水，水又是永远长流着，所以此阿赖耶识可以承担轮回主体的功能，这和常一不变的“我”去受轮回截然不同。
执受证，一期生命中有情的身体是常在没有坏灭的，这原因是由于有一种识的执持作用，而这种执持作用的识只能是第八阿赖耶识，决不是前六识，因为前六识在有情的一期生命中是有间断的，而作为此执持识不允许有间断，这也是赖耶存在的一个非常重要的证明。这在《摄大乘论》和《瑜伽师地论》中都有提及。不过，《摄大乘论》在此证明上没有《瑜伽师地论》详细，本论仅简单说明六识因各别依、不坚住的缘故，所以不能执受根身。但《瑜伽师地论》却以五因说明为什么阿赖耶识能执受根身，而前六识不能执受根身之理由。原因是《摄大乘论》主要从阿赖耶识是一切染净法的所依来论证赖耶的存在。而作为执受证不过是有情在一期生命过程中存在的一种现象而已，所以在论中只是提出来而已，并没有必要作详细的论证。
死时证，是因为有情在一期生命命终时，有一种现象，即身体是渐冷的，由身体的这种渐冷现象，推论出阿赖耶识的存在。这在《摄大乘论》和《瑜伽师地论》中都有说到，对比二论在此证上的论述，《摄大乘论》中所用语言比较精炼，如论言：“又将没时，造善造恶，或下或上所依渐冷，若不信有阿赖耶识，皆不得成。”157《摄论》仅以此寥寥数语，说明有情命终这种现象，只有在承认阿赖耶识存在的前提下才能得以解释。《瑜伽师地论》对此证如是说：
何故若无阿赖耶识，命终时，识不应道理。谓临终时，或从上身分识渐舍离，冷触渐起，或从下身分，非彼意识有时不转。故知唯有阿赖耶识能执持身。此若舍离。即于身分冷触可得，身无觉受，意识不尔。是故若无阿赖耶识，不应道理。158
《瑜伽师地论》运用此证时，语言较为详细。但二者比较起来，实则只是语言上有详略，所说问题却无二无别。
灭尽定证，关于这个证明，在《瑜伽师地论》仅是简单地说明了入灭尽定有阿赖耶识的原因是：从现象上看，入无想定或是入灭尽定，身体不会烂坏，而入此定，前六识已灭，没有识执持身体，身体何以不坏？所以应该有一个除六识外的识，存在于灭尽定中才可以解释此种现象。而佛也在经中说，入灭尽定识不离身，由此可以证知，确实有一个除六识外的心识存在于二无心定中，这个存在的识就是阿赖耶识。仔细研究《摄大乘论》中以灭尽定证明存在阿赖耶识的论证，他虽然花费了大量的笔墨，极其详细地说明了佛说入灭尽定识不离身之识一定是阿赖耶识，并且对于小乘的各种计执给予了破斥，而其中心却没有摆脱《瑜伽师地论》的说法。
《瑜伽师地论》中有争议的初起证、明了证、业用证，在《摄大乘论》中都弃而不用。《瑜伽师地论》中的身受证，在《摄大乘论》没有提到，但此证到了后来的《成唯识论》却有用到。对于二论都有提到的四种论证，通过上面的对比，《瑜伽师地论》很明显的只是提纲契领似地论证，而《摄大乘论》在继承《瑜伽师地论》的基础上，抓住其中心意思，然后给予了详细的论述。不仅如此，《摄大乘论》还以名色与识互为依证、识食证这二种现象证明了阿赖耶识的必然存在。
总之，从上比较可知，《摄大乘论》对赖耶存在的论证比《瑜伽师地论》要健全得多。可以说，《摄论》中对赖耶识存在的论证阐释得更为透彻、更为全面。可见，唯识学上对阿赖耶识存在的论证，到《摄大乘论》又上了一个新的里程碑。
（二）《成唯识论》与《瑜伽》、《摄论》论证的比较
《摄大乘论》对赖耶存在的论证，是在《瑜伽师地论》的基础上健全起来的，而《成唯识论》作为唯识学上对赖耶存在进行论证的最后一部论典，它的成就也不是一蹴而就的，乃是在《瑜伽师地论》、《摄大乘论》两部论的基础上，继承和发扬两部论的优点，才达到了现有的程度，今以论证方式、教证、理证三个方面加以比较说明。
第一，从论证方式上看：《成唯识论》论证分为两个部分，一是引大小乘经教，以佛之圣言量来证明第八识的存在；二是从理论上以十理证明第八识的存在。这种从教证，再从理证的论证方式，与《瑜伽师地论》、《摄大乘论》是一脉相承的。但《成唯识论》在论证之前先对第八识作了详尽的论述，介绍了第八识的性质、它的行相与所缘、与之相应的心所、它所属的伦理范畴、它具有非常非断的性质和它的伏断位次后，才对第八识的存在进行了专门的系统的论证。
《瑜伽师地论》在前本地分中已经建立了阿赖耶识，但到《瑜伽师地论？摄抉择分》才以八相证成赖耶。之后，此论再一次对阿赖耶识的性质作了补充性说明，以十门建立阿赖耶识，从相关性问题进一步对赖耶识进行了论述，它将赖耶的功用，更精细地给予了独特的理论阐述，对赖耶的思想内涵，赋予了更全面、更广泛的命题，说明了阿赖耶识是联系众生流转和还灭的枢纽。
《摄大乘论》则不同，它在所知依一章中开首便以经教证明阿赖耶识有体，是佛之圣言量。然后再从理论上成立阿赖耶识，说明阿赖耶识是一切染净诸法的所依，但由于小乘认为染净诸法的所依可以建立在转识或色心中，不必要别立阿赖耶识，所以论主再抉择赖耶为染净依，从五个方面说明阿赖耶识的必然存在。
之所以有这些不同，是因为《瑜伽师地论》作为唯识学初创阶段的作品，阿赖耶识的理论体系虽然已初具规模，但还没有完善。所以才出现前《瑜伽师地论？本地分》中对阿赖耶识的含义进行简单的阐述后，在《瑜伽师地论？摄抉择分》对阿赖耶识存在进行论证后，又再一次对阿赖耶识性质功能加以补充说明。
到了《摄大乘论》，已经是唯识学组织时期的最后阶段，阿赖耶识的理论已经较为完备，所以本论作者在对待阿赖耶识是否存在这一问题，显然可以考虑得更加周全一些，故本论的论证已经明显超过了《瑜伽师地论》。但由于本论探讨阿赖耶识的性质主要从染净诸法所依的角度，因此本论在论证赖耶存在时，按照杂染清净离赖耶不成组织论证次第。
唯识学发展到了《成唯识论》时，整个唯识学理论体系的建构已经完备，对阿赖耶识的性质和功能的界定也已经全部完成，所以本论先对第八识作了详尽的叙述，再专门对阿赖耶识存在进行了论证。不仅如此，《成唯识论》在引大乘经典论证阿赖耶识存在后，专门就大乘经典是佛说进行了详细的论证，这在《瑜伽师地论》中是没有的，在《摄大乘论》中虽有，但仅是在论的开端简单的作了论述。
第二，从教证上看：《瑜伽师地论》的教证仅有《解深密经》中的一颂。其后的《摄大乘论》在此基础上增加了《阿毗达磨大乘经》中的两颂和“心意识三”的教法，同时，还引用声闻乘的异门安立来成立阿赖耶识。《成唯识论》和《摄大乘论》一样，都分为大乘教和小乘教两部分来说明问题。但在所引大乘教中，《成唯识论》在《摄大乘论》的基础上，除去“心意识三”证阿赖耶识存在这一条，而添加了《入楞伽经》中用藏识来描述阿赖耶识性质之颂。在所引声闻乘经教中，增加了上座、分别说系的有分识作为阿赖耶识的异门安立。其他教证所引二论皆相同。二论所引相同大乘经典的偈颂中，细细比较起来又有差别。
首先，《阿毗达磨大乘经》中说：“无始时来界，一切法等依，由此有诸趣，及涅证得”。
此颂焦点主要集中在各论对于“界”和“依”的解释不同。对于“界”的解释，《摄大乘论世亲释》说：“界者谓因”，《摄大乘论无性释》曰：“界者因也，即种子也”。可见摄论的二释论对“界”的看法没有什么不同。对“依”的解释，《摄大乘论世亲释》言：“一切法等所依者，因体即是所依止义”，《摄大乘论无性释》认为：“彼一切法等所依者，能任持故，非因性故能任持，是所依义，非因性义，所依能依性各异故。若不尔者，界声已了，何假余言？”从文意可见世亲释论是站在种识一的立场，认为“界”是一切杂染有漏诸法的种子，因无始来有这一切杂染的种子，有为有漏的一切法才依之而生起。而无性释却是站在种识异的立场，认为“界”和“依”是两个东西，“界”是种子，而“依”却是指能摄藏种子的功能性，即阿赖耶识。
《成唯识论》乃继承无性释种识异的说法，却又有所发展。本论之“界”和“依”和无性释看法一样，认为它们是两个东西，就这一点来说，无性释和《成唯识论》是相同的，但《成唯识论》中的“界”虽亦是因义，但已不是单纯指种子，而是指种子识，因为种子识无始以来辗转相续，直接生起各种事物，所以称为因。如论言：“‘界’是因义，即种子识，无始来辗转相续，亲生诸法，故名为因。”159而这里的“依”是现行识，主要功能是为转识作所依止。如论言：“为彼依者，谓与转识作所依止。”160
其次，《阿毗达磨大乘经》中“由摄藏诸法，一切种子识，故名阿赖耶识，胜者我开示”一颂。此颂主要是对阿赖耶识名义的解释。对于此颂，在《摄大乘论》对赖耶存在的论证一节言：《摄大乘论世亲释》里阿赖耶识有两义，即摄藏和执藏义；《摄大乘论无性释》里，却明显地具有能藏、所藏和执藏三义。在《成唯识论》里，认为阿赖耶识具有三藏义。如论言：“与杂染法，互相摄藏，亦为有情执藏为我，故说此识名阿赖耶。”161与“杂杂法互相摄藏”，是指能藏和所藏的相互摄藏说的。如识能藏一切杂染诸法种子名为能藏，同时又受现行杂染诸法之所熏习名为所藏，它们之间的关系是相互摄藏，同时又被有情内执为我，所以亦名执藏。《成唯识论枢要》亦云：“此中三藏一切皆具，举能摄藏显所藏性，杂染种子互为缘故，由此能内执为我，则执藏义，故具三藏。”162由此可见，《成唯识论》是继承无性释说阿赖耶识具有三藏义来解释阿赖耶识。
最后，在《解深密经》中有“阿陀那识甚深细，一切种子如瀑流，我于凡愚不开演，恐彼分别执为我”一颂。此颂《瑜伽论》、《摄论》、《成唯识论》都有引过。但是对阿陀那识的解释，三论是不同的。在《瑜伽师地论》引用此颂证明阿赖耶识存在时，并没有直接对阿陀那识的名义进行解释。不过从整本论著来看，因为�