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东汉两大创造，王充与张衡是东汉文化界的两个伟人。
数学——汉儒用数理讲《周易》，纬书兼讲天文历数学，因之数学成为儒学的一部分。扬雄模仿《易经》作《太玄经》，实际是扬雄的数学著作。刘歆也是著名数学家。东汉儒者更研习数学，张衡著《算网论》，与《灵宪论》（张衡论浑天的原理）相配合。郑玄刘洪王粲等人都精通《九章算术》。魏时刘徽总结各家学理，注《九章算术》，数学成就比《周髀算经》前进一步。
医学——《淮南子》说，神农尝百草的滋味，一天中七十次毒，医方从此兴起。大抵古来有神农尝百草的神话，因而民间历代积累起来的药物知识都托名神农。药物主要是草药（郑玄注《周礼》五药：草、木、虫、石、谷），所以称为《本草》或神农《本草经》。自汉武帝起，朝廷招集方士，其中有本草待诏若干人。楼护家世代做医师，楼护诵习医经本草方术书数十万字，汉成帝汉哀帝时，出入京师权贵人家很有声名。公元五年，王莽召集全国通方术本草的人到京师考校技能。《汉书·艺文志》不曾记录神农《本草经》，但西汉确有这一部名叫《本草》的药物书。书中多见东汉时地名，当是东汉医家有较多的补充和说明。
东汉末年，屡起大疫。南阳士人张机深研医学，著《伤寒杂病论》合十六卷（北宋时所传《伤寒论》十卷，附方十卷，又有《金匮要略方论》三卷，当即《杂病论》）。他在《伤寒论序》里说：看当今医生，不肯探求医经（《素问》、《难经》等），推演新知，各承家传，始终守旧。问病状务在口舌敏捷，辨脉象按寸不按尺，按手不按足（足脉）。草率处方，难治大病。和这些医生相反，他是以极严肃的态度治病的，在他的著作里阴阳五行说基本上被排除了。后世医学者称张机为医圣，称《伤寒》《金匮》为医经，是有理由的，因为他脱离阴阳五行的束缚，推动医学向科学发展。
《灵枢经》所传用针治病法，东汉时有显著的进步。广汉隐士涪翁著《针经诊脉法》，传弟子程高。程高传弟子郭玉。汉和帝时，郭玉做太医丞，治病多有效应，针法传授更广。郭玉喜为贫贱人治病，尽心竭力，应手见效。治贵人病却常不愈。汉和帝责问郭玉，郭玉答道，贵人威风太大，好自作主张，不听从医者的法度。骨节又柔弱，用了针不能再用药。有时用针难免要出些血，我心里恐怖，那里还顾得治病。
谯县人华佗精针法，尤精外科手术。将动手术，先使病人饮麻沸散，失去知觉，刳割腹背后缝合创口，涂敷膏药，四五天便合口。华佗又教人作五禽之戏（模仿虎、鹿、熊、猿、鸟的动作），使身体轻便，血脉流通，可以预防疾病，延年不老。曹操患头风病，要华佗治疗断病根。华佗说只能缓治延岁月，不能断根。曹操发怒，杀华佗。华佗两个弟子，吴普擅长外科，樊阿擅长针术。关羽左臂中箭毒，医师刳肉刮骨，关羽言笑自如；司马师目上生瘤，让医师割去。这种局部割治，大概也用麻醉药。
医学在战国是一个发展时期，到东汉又有新的发展，它的特点是阴阳五行的色彩比战国时医经大见轻减。
四 宗教
巫是一种原始宗教。随着华夏地区的扩大，巫教被史官文化排斥，逐渐失去它的宗教作用。孔子说“南人有言曰：人而无恒，不可以作巫医”。看来就是在保持着巫师的楚国，巫师也只能和医师同列，而医师的社会地位在当时是不高的。汉族本身不曾在巫教基础上制造出一个普遍流行的宗教，许多外来宗教的陆续传入和佛教的一时盛行，也都不曾取得独尊的地位。一切宗教不能生出深根来，应归功于史官文化，因为它含有抵抗（虽然是不彻底的）宗教的因素。史官文化的主要凝合体是儒学（其次是道家学说）。儒学创始人孔子，教人专重人事。“季路问事鬼神。子曰：未能事人，焉能事鬼！曰：敢问死？曰：未知生，焉知死！”不谈鬼神和死后事，是孔子也是儒学对鬼神的基本态度，所以在儒学的思想体系里，鬼神不可能取得重要地位，更不可能取得主导地位。宗教得以兴盛的必要条件，首先是对鬼神（一神或多神）有绝对信仰，而儒学对鬼神则是怀疑，敬而远之，这就形成汉族历史上允许各宗教并存，既不完全信奉也不彻底排斥，从不发生所谓宗教战争的特殊现象。
史官文化的发育地在黄河流域。黄河经常发生灾祸，人力不能完全控制它，因此迷信思想有了它的来源，但治水到底要依靠人力，鬼神并不真可靠，因此实际经验使人们体会到人力的作用大于鬼神。其他自然界灾祸也给人们同样的经验。例如前五二六年，郑国大旱，郑君使大夫屠击等祭桑山求雨。屠击等斩伐树木。子产说，祭山为的是增植山林，现在反把山林砍了，多大的罪过呵！削掉屠击等人的官和邑。科学的历史，就是逐渐废除这种胡想（迷信）的历史，或者是用新的比较不那样荒谬的胡想来代替它的历史。祭山求雨是一种胡想，增植山林却是科学性的实践，两者结合在一起，而重点则在后者，这就有逐渐废除胡想的可能。所以史官文化与以迷信为重点的宗教，本质上是不相容的，因而在史官文化的基础上不可能创立宗教。
史官文化在哲学上有两种来源：一种是夏商相传的五行论；一种是周朝新创的阴阳论。五行首见于《尚书·洪范篇》，它认为水火木金土是构成万物的五种要素。五行各有属性，用眼睛来看，看出水性润湿向下，火性炎热向上，木性可曲可直，金性可以熔解，土性可以种植谷物。用鼻舌来试，试出水（海水最大）味咸，火味苦（焦气），木味酸（果实），金味辛，谷物味甘。这种原始的五行只是企图解释物的生成和作用，并没有包含神秘的意义，阴阳首见于《周易》。孔子阐明《易》理，认为最大的物是天地，它们的属性是阳和阴。天永恒在上，地永恒在下，天体运动，地体静止。天的运动是循环式的运动，地的静止不是独立的而是顺承上天也就是附属于天的静止。根据这样的世界观，抽象出阴阳两种属性，用来解释自然界的社会的各种现象。已见的现象用阴阳来解释，未见的现象（事物的变化）用卜虚（数理）来探求。因为数有阴阳（单数阳、双数阴），从数的阴阳可以先知事物变化的后果（吉凶），这就成为孔子宿命论的根据。卜筮的答案，有答对一半的机会，有答不对的一半，叫做“阴阳不测之谓神”。不测不等于说一定有鬼神在使人不测，也不等于说一定没有鬼神在使人不测，这就成为孔子的鬼神观。这种带有一些神秘色彩的阴阳论，只是比五行论抱着更大的企图，就是想用天地之道来解释万事万物（“有天地然后万物生焉”，“法象（法则形象）莫大于天地”）。本质上它们都属于机械论的形而上学的唯物论。它们是哲学不是宗教。
战国时，邹衍结合五行与阴阳两种思想成为阴阳五行学。它不是简单地结合，而是发展为神秘的德和运。邹衍把德（五行的性）当作本体，运（阴阳变化）当作作用，以德运为出发点，推断自然和社会的命运。属于唯物论的原始五行论、阴阳论，经邹衍改造后，成为唯心论的阴阳五行学，即五德终始论。不过它仍是哲学的一种，还不算是宗教。
宗教是剥削阶级必不可少的工具之一，特别在秦汉统一以后，农民阶级的斗争力量比诸侯割据时代加强了。统治阶级更感到宗教的必需。董仲舒开始说神怪，并造求雨止雨仪式，颇有创宗教的趋势。王莽时阶级斗争激化，王莽提倡符命图谶，装神作怪，企图麻痹已经爆发了的农民起义。东汉皇帝更大力提倡迷信，鼓励今文学派神化孔子，期望变孔子为教主，变儒学为宗教。但是，以史官文化为基础的儒学，想改造成真正的宗教，几乎是不可能的，不仅古文经学派坚决反对，就是今文经学在章句方面也不曾说孔子是神或先知者。“神怪之言，皆在谶记”，而谶记里也有一些对董仲舒不满的表示，说孔子预言“董仲舒乱我书”。所谓乱我书，就是指谶纬乱六经章句，可见笃守章句的今文家并不完全同意妖妄的谶纬。这样，儒学转化为宗教的期望断绝了。太平道教开始时被认为“以善道教化”，结果却被黄巾军用来发动起义。统治阶级需要宗教，但造不出适用的宗教，佛教正在这个时候获得了流传的好机会。
秦时，天竺阿育王大弘佛法，派遣僧徒四出传教。西汉时西域某些国家已信奉佛教。汉武帝通西域后，中外交通顺利，不能设想没有一个僧徒东来，可是佛教传入，到西汉末才见记载。这是因为董仲舒以后，今文经学盛极一时，统治阶级对它有足够的信心，不需要那种看作异端的外来宗教。公元前二年（汉哀帝元寿元年），西域佛教国大月氏使臣伊存来朝。当时西汉朝廷正在摇摇将坠，正在需要一种新的助力，博士弟子景卢从伊存受浮屠经，并不是偶然的。从此佛教得到合法地位，作为谶纬的辅助开始流传起来。这说明宗教以及一切神怪迷信的发生和发展，与统治者的残酷剥削、广大人民的穷困无告、整个社会的动荡不安有不可分开的关系。它们生长在社会的黑暗面上，好比草木一定生长在土壤里那样。
东汉魏晋佛教流传很快，而且继续在兴盛，虽然始终（包括南北朝）不能夺取儒学的传统地位，但对思想界影响确极巨大。从原始儒学改造出来的今文经学（谶纬）和魏晋老庄派玄学，原来都只是些原始的唯心论，自从南北朝佛教盛行以后，唯心论哲学得到极大的发展，也就是统治阶级所掌握的欺骗工具比专用儒学高超得大多了。
佛教在统治阶级里流传的记载，最早见的是公元六五年——汉明帝水平八年。汉光武帝的儿子楚王刘英招聚方士桑门（沙门），祭神求福。汉明帝给刘英的诏书里褒奖他“诵黄老之微言，尚浮屠之仁词”，并提到伊蒲塞、桑门等名称。汉明帝将诏书宣示各王，可见朝廷提倡佛教，也可见永平八年以前佛教早已在流传。汉桓帝在官中立黄老浮屠祠，又派宦官到苦县祭老子。襄楷上汉桓帝书里说“或言老子入夷狄为浮屠”。这个老子西行教化胡人的谣言，表示道教地位比佛教高，佛教徒高攀黄老，只好默认佛是老子的门徒。汉桓帝汉灵帝时，西域名僧安世高、支谶等人来洛阳，译出佛经多种，佛教影响因此前进一步，有可能企图脱离对黄老的依附。东汉末年，佛徒牟融作《理惑论》，说汉明帝梦见神人，飞行在殿前。次日问朝臣得知是佛。乃遣张骞等十二人至大月氏国写佛经（《四十二章经》），归来后在洛阳城西造佛寺（白马寺）。佛徒造朝廷求经的谣言，意在自高身价，对抗道士所造老子化胡那个谣言。此后道佛两教常用谣言作武器互比高下。
佛教的形式和内容，都是未曾闻见过的新奇事物，“闳大不经”的邹衍，“谬悠荒唐”的庄周，“妖妄神怪”的谶纬，比起它来真是相差太远了。这正是统治阶级愿意接受的新工具。不过，佛教是外来宗教，它不可免地要受到旧工具的抵抗。道教经典《太平青领书》（《太平经》）采取佛教神话来装饰教主老子，采取某些佛教教义来编造道教教义，但对佛教下列四事：（一）不孝、弃其亲；（二）捐妻子、不好生、无后世；（三）食粪、饮小便（当是指僧徒用粪便治病）；（四）行乞；认为“道之大暇，病所由起，大可憎恶”，反覆予以驳斥，基本上道教是排斥佛教的。当佛教默认老子化胡的时候，还可以相容，一朝企图独立，道教便和佛教对立。《理惑论》说“世人学士多讥毁之（佛教）”，太学里没有人“修佛道以为贵，自损容（剃发）以为上”。儒学自有一套传统的礼教，当然要排斥佛教。《嵇康集》所载《宅无吉凶摄生论》一文里有一条说：“多食不消化，含黄丸（药名）病自然会好。有人求神问卜，也有人从乞胡（西域僧）求福。这种行为谁都看了好笑。”凡迷信由于无知，从知者说来，不论那一种迷信都是乞胡。嵇康逐条反驳这篇论文，独不为乞胡辩护，足见玄学大师嵇康也并不拥护佛教。佛教虽然遭受了这些阻碍，但丝毫也不影响它的直线上升，这是因为统治阶级的一部分特别是当权派深切懂得佛教的巨大作用。以襄楷牟融等人为代表，调和佛道儒，使三派并存，一致为统治阶级服务。
在人们的头脑里，一向充满着对自然的和社会的无数疑问。既有疑问，就必须求得解答。儒、墨、道三家都曾作了�